Mac OS Xでゴミ箱を安全に削除すると、Locumというプロセスが働いています。安全に削除するというのは、消したデータの上にゼロか何かを上書きして、データ復帰できなくさせるものです。
このLocumというのがくせ者で、実行するたびにこのプロセスがCPUの大部分を使用してしまい、さらにはファン回りだしてうるさいということです。
急いでないときもあるので、「ゆっくり」安全に削除するオプションがあったらなって思います。
コマンドラインから実行するためには
srm -r ~/.Trash/*
で大丈夫だと思います。manコマンドでいろいろなオプションを見る事ができます。